Luis Fernández fue destituido y su lugar lo ocupó Txetxu Rojo, equipacion ajax exjugador que ya militó en el club bilbaíno en la década de los setenta. Terminados los años noventa, el Athletic entraba en una nueva década que no depararía nada relevante en la historia del club, siendo una etapa con pocos éxitos y en la que se vivieron varios años difíciles, en los que el club estuvo a punto de descender.