Sería sin embargo el momento de la Copa y el Atlético se alzó con su primera Copa del Generalísimo en la temporada 1959-60 con el triunfo frente al Real Madrid en el Bernabeu por 3-1 con goles de Collar, Jones y Peiró. El título de Liga no se volvería a alcanzar hasta el año 1965-66 aunque en la temporada 1957-58 quedaron subcampeones, lo que les permitió disputar la Copa de Europa de 1958-59, un periplo que resultó exitoso aunque cayeron en semifinales en el tercer partido tras el empate a partidos jugados con el Real Madrid.