El Presidente de la institución era Julio Cassanello (quien luego fuera intendente) y fue uno de los protagonistas en el armado del plantel y alma mater José María «Gordo» Algañaraz. En el 2015 asume como DT Julio César Falcioni y trae refuerzos de jerarquía como Claudio Bieler, Rodrigo Gómez, Adrián Calello, Mariano Uglessich y Alexis Canelo. El 31 de agosto de 1996 debuta en primera división, Adrián Giampietri, uno de los ídolos que tiene la institución. En 1961, Quilmes disputa palmo a palmo el campeonato de Primera B junto a Newell’s Old Boys. Pero es beneficiado por una investigación de la Asociación del Fútbol Argentino, en la que se devela que Newell’s incentivó a Excursionistas en el partido ante Quilmes. Mientras que el 12 de febrero de 1950 en una asamblea ordinaria presidida por el vicepresidente 1° Rafael Fernández Míguez ante 69 socios, se volvió a cambiar la fecha y se reconoció al esfuerzo de los angloquilmeños que fueron pioneros en materia deportiva en el distrito y que inspiraron la obra de Stevenson y sus seguidores. De esa manera, Quilmes terminó redondeando una gran temporada siendo subcampeón sacando nada más y nada menos que 72 puntos. En la temporada 2016-17, Quilmes busca la posibilidad de volver a permanecer en Primera, con un plantel totalmente nuevo, siendo 22 los jugadores que llegaron al Cervecero para la dicha temporada.
Los hinchas del Cervecero coparon la calle Viamonte y festejaron el campeonato en las puertas de la AFA. En 1986, la AFA crea el torneo Nacional «B», con el que mezclaría equipos afiliados a la AFA (metropolitanos) con instituciones que representen a las ligas del interior del país (conocidos como «indirectamente afiliados»). Días antes del debut ante los argentinos, logró que se habilitara su estadio de Guido y Sarmiento para jugar como local. Chicago avanzó hasta semifinales de conferencia ante Orlando Magic, serie en la que Jordan promedió 31,5 puntos por partido, pero perdió los dos últimos balones del partido definitivo, algo a lo que nadie estaba acostumbrado: Jordan no estuvo a la altura y los Bulls cayeron eliminados al cabo de seis partidos. Esto cambió la previsión del equipo que había estado prácticamente seleccionado e Isiah Thomas se quedó fuera del equipo al entrar Jordan después de este replantearse su presencia. En 1996, Don Sterling dirigió Michael Jordan, Above and Beyond donde revela la historia íntima de la pasión y determinación que impulsaron su meteórica carrera. ↑ «Nike, Inc. Reports Fiscal 2013 Fourth Quarter and Full Year». ↑ J. Schwartz, Peter (2 de marzo de 2010). «The World’s Top Sports Brands» (en inglés).
Aunque llevaba un tiempo sin jugar, anotó 55 puntos ante los Knicks en el Madison unos días después de su vuelta a las canchas, el 29 de marzo de 1995. Condujo a los Bulls a un balance de 9-1 durante el mes de abril de ese año, llevándolos a las eliminatorias. En la primera fecha, empata sin goles ante Douglas Haig. Quilmes milita en Primera B hasta 1949, año en el que sale campeón de la categoría. En el año 1937, desciende, junto a Argentinos Juniors, a la Segunda División. En la temporada 1990/91, Quilmes obtiene el campeonato Nacional «B» y asciende a Primera División «A», tras ganarle al Club Almirante Brown por 1 a 0 como local, con gol de Mario Gómez. Disputaron su primer cotejo hace 97 años, el 26 de junio de 1926 en el Estadio Florencio Sola con triunfo del equipo local 2 a 1. Sus partidos son de muy fuerte rivalidad, en 2001 ambos equipos disputaron dos finales en la B Nacional por el ascenso a Primera División a estadio completo marcadas por la tensión. Sin embargo, en el primer semestre, no le va bien ganando tan solo 4 partidos.
El jueves 17 de abril de 1950, la institución cambió su nombre por el actual, Quilmes Atlético Club. El 25 de abril de 1995, la institución inaugura el estadio Centenario, con un partido entre el primer equipo (reforzado con algunas figuras internacionales) y Nacional (Uruguay). Disputan un partido los campeones de 1978 junto a un equipo integrado por glorias de todos los tiempos. Disputa en Junín un partido de desempate con Unión y lo pierde. A la siguiente temporada, Quilmes desciende al Nacional «B», tras disputar dos de los peores torneos de su historia, junto a Unión. De esta manera, es el campeón más antiguo entre los equipos que participan actualmente de los torneos de la Asociación del Fútbol Argentino. Integró el grupo junto a Independiente (Argentina), Deportivo Cali (Colombia) y Millonarios Fútbol Club (Colombia). En 1943, el Quilmes Athletic Club consideraba que su año de fundación era 1893, sin fecha exacta. Tuvo una delantera récord de 130 goles en todo el año. Es vencido en la final por Ferro Carril Oeste, ya que empata sin goles en Guido y Sarmiento; y cae en Caballito por 2 a 0. En la segunda parte del año, Quilmes realiza una muy mala campaña y finaliza, junto a Unión, en el penúltimo puesto.