En la temporada 2010/11, el Burgos CF y el por aquel entonces equipo de la capital bajo la denominación de Club Deportivo Estructuras Tino, firman un convenio de filialidad en el verano de 2010; en el cual el Burgos CF se compromete a ayudar económicamente al filial y este cedería jugadores cuando el primero lo requiriese. Tras 4 temporadas entre la Regional Ordinaria y la Regional Preferente y tras dos ascensos, compite finalmente en la Tercera División durante las temporadas 2006/07 y 2007/08. El equipo desaparece en esta última temporada después de descender a Regional Preferente y el club no poder mantenerle en esa categoría.